Vegetacija Kopaonika i njegovog podgorja je veoma bujna, što dolazi od južnog položaja, velike nadmorske visine, a najviše od nebrojenih voda koje izviru po večito rosnim Kopaonikovim visovima i obilno natapaju zemljište. Biljni svet je zastupljen sa mnogobrojnim vrstama drveća, žbunova, zeljastih biljaka, cvetnica, paprati, mahovina, lišajeva, gljiva od kojih su mnoge i lekovite. Najvažniji redovi vegetacije ovde su šume i paše.

Na Kopaoniku je zastupljeno izuzetno pravilno visinsko smenjivanje vegetacije i počinje od vrbovo-topolovo-jovovih šuma u dolini reka, preko termofilnih šuma crnog bora, cera i sladuna, kitnjaka i graba, medunca i crnog jasena zatim šuma brdske bukve, hrasta kitnjaka (do 1100 mnv), bukve i jele (do 1600 mnv) u koje prodire smrča koja dominira u šumama od 1550 do 1750 mnv. Smrče ima u tolikom izobilju da površine po ovim drvećem iz daljine podsećaju na crna platna po jasnijem zelenilu planinskih paša. Iznad 1750 mnv počinje zona žbunaste polegle kleke i borovnice sa niskom subalpskom formom smrče, pa sve do alpskih suvati koje se nalaze iznad 1950 mnv.

Paše zauzimaju sve vrhove visokog Kopaonika: Suvo Rudište, Gobelja, Jelovnik, Stolovi, Željin. U zoni mešovitih šuma bukve i smrče prostiru se nepregledne cvetne livade koje krase raskošni zvončići, zmijoglavke i runolisti. Skoro sve obradive površine u ovoj visinskoj bile su nekada pokrivene šumom. Vremenom su na mnogim mestima šumu zamenili pašnjaci.

Visokoplaninska flora Kopaonika zastupljena je sa 825 biljnih vrsta i podvrsta svrstanih u 292 roda i 80 familija, što predstavlja 1/5 ukupne flore Srbije. Ledeno doba je, u odnosu na ostale delove Evrope, na našim planinama neznatno uništilo floru o čemu svedoči i brojne biljke koji su ostaci ovog doba i ukazuje na autohtonost i vegetaciju Kopaonika.

Uredbom o zaštiti prirodnih retkosti na teritoriji Srbije,30 biljnih vrsta koje rastu na Kopaoniku stavljeno je pod apsolutni režim zaštite. Zabranjeno je svako njihovo čupanje, kidanje, sečenje, lomljenje, i na bilo koji način uništavanje i oštećivanje. Izuzetno se može izvršiti neka od ovih radnji ali samo u naučne svrhe i to uz odobrenje Zavoda za zaštitu prirode Srbije.

Na najvišoj zoni Kopaonika i gotovo nepristupačnim stenama raste trajno zelena biljka visokih planina-runolist ili planinka ( Leontopodium nivale). Cvast izgledom podseća na lavlju šapu, па otuda i ime biljke (grč. leon = lav i grč. P n = nožica). U Srbiji je ova vrsta dosta retka i zaštićena. Na Kopaoniku je runolist dospeo još kada je klima na njemu bila hladnija i kada se runolist povukao iz severnih krajeva zahvaćenih poslednjim periodom ledenog doba na Zemlji. Gorštaci su žilavost ove biljke odavno prepoznali, pa je u tradicionalnoj medicini bila neizostavni deo čajeva i obloga za stomačne tegobe i grčeve, dijareju, srčane tegobe, prehlade, upale krajnika i infekcije disajnih puteva uključujući i tuberkulozu. Ekstrakt runolista je u brojnim ispitivanjima pokazao snažnu antioksidantnu aktivnost prilikom UVB zračenja. I ne samo to, ovaj ekstrakt stvara barijeru na koži, regeneriše tkivo kože, ublažava bore oko očiju, poboljšava elastičnost kože, gustinu dermisa, pa je zato danas dragoceni sastojak antiage kozmetike. Kod nas se još zove - Jagodina suza. Zanimljiva legenda prati ovo ime. Devojka Jagoda izgubila je ovce u planini. Tražeći stado gorko je plakala. Na svakom mestu gde je pala suza izronio je po jedan plavičasti cvet runolista.

Kopaonik je i svojevrsna bašta crvenog jagodičastog i bobičastog voća: šumske jagode, maline, kupine, ribizle. Najčešća je borovnica, pa se dobrih godina na Kopaoniku nabere i na desetine vagona ovog ukusnog i zdravog voća. Kopaonik je bogat različitim vrstama gljiva, čak 219 vrsta gljiva, od kojih su neke retke ili su po prvi put konstatovane na našim prostorima upravo na Kopaoniku. Poznatije jestive vrste gljiva koje mogu da se nađu na Kopaoniku jesu: vrganji, lisičarka, smrčak, sunčanica, šampinjon, bukovača, krasnice, mlečnica, đubretara, blagva, puhara. Od otrovnih vrsta gljiva na Kopaoniku se mogu naći i smrtonosno otrovne gljive: zelena pupavka-naša najotrovnija pečurka, ušiljena pupavka panterovka, muhara, ludara, smrdljiva suncobranka.