Kopaonik se prostire na području slivova Ibra, Rasine i Toplice. Najvažnija rečna mreža na podrucju Kopaonika je sliv reke Ibar.

Kopaoničko područje presecaju reke - centralna rečna arterija Samokovska reka, Barska i Lisinska reka na zapadnoj strani, Duboka i Brzecka reka na istočnoj strani, Ciganska i Gobeljska reka na severnoj strani. Na toku Samokovske reke, najveće vodene arterije Kopaonika, formiraju se mali vodopadi i bukovi, dok se na Zaplaninskoj reci formira višestepeni vodopad Jelovarnik u dužini od 80 metara.

U dolini Jošanice, desne pritoke Ibra, na području opštine Raške, leži Jošanička banja, u klancu oivičenom pretežno borovom šumom. Već su Turci ovde imali hamame (104), ali ne za lečenje, već za kupanje. Jošanička banja ima pet izvora tople mineralne vode od 36°C do 77°C, koji pripadaju grupi hipotermi sa lekovitim svojstvima. U Banji postoji I mineralno blato.

Pored Jošanicke banje, u podgorini Kopaonika nalaze se Lukovska (temperature 56 I 69°C), Prolom (26°C do 31,5°C) i Kuršumlijska banja (14°C do 63°C) koje spadaju u lekovite vode.

Na području Kopaonika nalazi se nekoliko jezera: Semeteško, Gornje (Dugacko) i Donje (Malo) jezero.

Na području opštine Brus nalaze se tri izvora mineralne vode: Brus, Sudimlja i Žarevo. Termalna voda u Brusu sa temperaturom vode od 27°C i protokom od 8 l/s spada u lekovite vode.

Najpoznatiji izvori koji su se pribili uz same vrhove planine su: Marine vode (1700 metara n.m.), Krčmar voda (1950 metara n.m.), Pajino preslo, Javor česma, Kaznovske bačije. Sredinom avgusta temperatura vode ovih izvora iznosi samo 4°C.

Na Kopaoniku postoji nekoliko urvinskih jezera nastalih pri jačim zemljotresima ili dejstvom čoveka, a Jugozapadno od Jošaničke banje nalaze se još dva urvinska jezera: Gornje (Dugačko) i Donje (Malo) jezero.

Od hidrotehničkih zahvata na Kopaoniku interesantan je Mijatovića jaz, "gejzir" hladne vode koji je Dragoljub Mijatović iz sela Žutice prokopao 1929. godine, kao kanal za vodu, dužine 18 km. Stub vode je visine oko 5 metara.

Pod uticajem tektonskih razlamanja, padavina iznad 1000 mm i nekih drugih činilaca nastalo je obilje hladnih, radioaktivnih i termomineralnih voda. Po čitavoj planini, a naročito po Ravnom Kopaoniku, nailazi se na potoke i rečice sa hladnom i čistom vodom, koja se svuda može piti bez prečišćavanja. Kada se ove rečice i brzaci spuste sa Ravnog Kopaonika u podgorinu i uliju u Samokovku I ostale reke punom snagom zapene i zagrme.

Kopaonik je poznat po interesantnim hidrološkim pojavama tresavama i pištevinama. Tresave nastaju kao posledica velikog isparenja mnogih potoka i bara i stare su preko 1000 godina. Najveća tresava na Kopaoniku je Jankova bara. Pištevine su prirodne brane , ustave od busenaste trave u kojima se zadržava voda. Obično pištevine postaju tresave.